Mit Beginn des Schuljahres 1985/86 richtete der Kreis Borken als Schulträger eine Schule für Kranke am St. Agnes Hospital in Bocholt ein. Dieser Wirkungskreis wurde in den folgenden beiden Jahren auf Krankenhäuser in Ahaus (St. Marien-Krankenhaus), Gronau (St. Antonius-Krankenhaus, Lukas Krankenhaus), Borken (St. Marien-Hospital), Stadtlohn (Krankenhaus Maria-Hilf) und Vreden (St- Marien-Hospital) ausgeweitet.
Aufgrund einer veränderten rechtlichen Grundlage stellte die Schule für Kranke zum Ende des Schuljahres 1993/94 die Arbeit ein. Das damalige Kollegium wurde an diverse Schulen abgeordnet. Ostern 1996 nahm die Tagesklinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie in Borken (Bocholter Straße 5, LWL Klinik Marl-Sinsen) ihre Arbeit auf. Damit erhielt die Schule für Kranke des Kreises Borken, die bislang nicht aufgelöst wurde, unter dem Schulleiter Herrn Meibes ein neues Betätigungsfeld. Frau Thielke übernahm in Vertretung ab Sommer 1996 die Schulleitung.
Standorte der Erich-Kästner-Schule, Borken:
Im Jahre 2008 eröffnete die LWL-Klinik Marl-Sinsen eine Tagesklinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie in Gronau (Bentheimer Straße 20, LWL Klinik Marl-Sinsen). Hier können maximal zehn psychisch erkrankte Kinder und Jugendliche im Alter von sechs bis achtzehn Jahren an der teilstationären Therapie teilnehmen. Gleichzeitig nahm hier in Gronau der zweite Standort der Schule für Kranke, nunmehr unter dem Namen Erich-Kästner-Schule, die Arbeit auf.
Im Sommer 2012 wurde Frau Thielke in den Ruhestand verabschiedet und Sonderschulrektor Herr Gedding übernahm kommissarisch –zusätzlich zur Leitung der Johannesschule (Kompetenzzentrum für sonderpädagogische Förderung) in Borken- die Schulleitung der Erich-Kästner-Schule. Im November 2014 wurde Sonderschulrektorin Frau Elkemann in das Amt eingeführt.
Die Privatklinik Schlossklinik Pröbsting führte von August 2014 bis April 2016 eine Abteilung für Kinder- und Jugendpsychiatrie in Borken (Pröbstinger Allee 14). Das therapeutische Angebot dieser neuen Abteilung richtete sich an maximal siebzehn Kinder und Jugendliche im Alter von zwölf bis achtzehn Jahren bei Essstörungen, psychisch mitbedingten körperlichen Erkrankungen, Angst- und Zwangsstörungen, Depressionen, posttraumatischen Belastungsstörungen, Borderline-Syndrom, Aufmerksamkeitsdefizitsyndrom. Daher unterrichteten an diesem zusätzlichen Standort im Schuljahr 2015/16 ein Kollege und eine Kollegin zehn Schüler der Sekundarstufe I und der Sekundarstufe II.
Die Erich-Kästner-Schule bietet seit diesem Zeitpunkt Unterricht von der Primarstufe bis zur Sekundarstufe II an. Seit dem Schuljahr 2016/2017 findet der Unterricht nur an den Standorten in den beiden Tageskliniken (Borken und Gronau) statt.
Im August 2018 wechselte Frau Elkemann zum Kreis Borken, um dort eine Stelle als Schulamtsdirektorin zu übernehmen. Seitdem wird die Erich-Kästner-Schule von Herrn Nienhaus geleitet.
Mit dem 16. Schulrechtsänderungsgesetz vom 23. Februar 2022 wurde die Bezeichnung „Schule für Kranke“ abgeschafft und durch die neue Bezeichnung „Klinikschule“ als neutrale, international gebräuchliche und verständliche Bezeichnung ersetzt.
Seit dem 09.01.2023 befindet sich die Erich-Kästner-Schule Borken im neuen Gebäude der Tagesklinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie, Landwehr 105 in Borken.